Το Ινστιτούτο διοικείται από πενταμελές Διοικητικό Συμβούλιο το οποίο αποτελείται από:
α) Τον Διευθυντή του Ινστιτούτου, ως Πρόεδρο και,
β) τέσσερα μέλη ΔΕΠ του τομέα Περιφερειακής Επιστήμης του Τμήματος Οικονομικής και Περιφερειακής Ανάπτυξης του Παντείου Πανεπιστημίου Κοινωνικών και Πολιτικών Επιστημών.

Διευθυντής του Ινστιτούτου σήμερα είναι ο Καθηγητής Ιωάννης Ψυχάρης και μέλη του Δ.Σ. ο Ομότιμος Καθηγητής Αθανάσιος Παπαδασκαλόπουλος, οι Επίκουροι Καθηγητές Βασίλειος Αυδίκος και Αναστάσιος Καραγάνης και ο Αναπληρωτής Καθηγητής Βασίλειος Τσέλιος (ΦΕΚ 1138/ΥΟΔΔ/31-12-2021).

Διοικητικό Συμβούλιο Ινστιτούτου

Καθηγητής Ιωάννης Ψυχάρης (Πρόεδρος ΔΣ)
Ομότιμος Καθηγητής Αθανάσιος Παπαδασκαλόπουλος (Μέλος ΔΣ)
Επίκουρος Καθηγητής Βασίλειος Αυδίκος (Μέλος ΔΣ)
Επίκουρος Καθηγητής Αναστάσιος Καραγάνης (Μέλος ΔΣ)
Αναπληρωτής Καθηγητής Βασίλειος Τσέλιος (Μέλος ΔΣ)
Διατελέσαντες Διευθυντές

Ιερώνυμος Πίντος (1975 – 1981)

Νικόλαος Κόνσολας (1981 – 2007)

Αθανάσιος Παπαδασκαλόπουλος (2008 – 2018)